مصفاة بانياس هي واحدة من مصفاتي النفط الوحيدتين في سوريا، إلى جانب مصفاة حمص، ومصفاة بانياس هي الأكبر إنتاجاً من بينهما، إذ تنتج 130,000 برميل يومياً، فيما تنتج نظيرتها بحمص 110,000 برميل يومياً.[74] كما يُمكِن للمصفاة تكرير 6 ملايين طنٍّ متريّ من النفط الخام سنوياً، مغطية جزءاً بارزاً من الحاجة المحلية للمشتقات النفطية من المازوت والوقود والغاز والأسفلت.[75] تأسَّست مصفاة بانياس بموجب العقد رقم 20 لعام 1974، حيث أقيمت شركة مصفاة بانياس العامة التابعة لوزارة النفط والثروة المعدنية التي تعاقدت للعمل على المشروع مع شركة إندستريال إكسبورت إمبورتالرومانية. بدأ العمل على إقامة المصفاة في شهر أيلول من سنة 1975، وافتتحت في 21 من آذار سنة 1982. وقد تمكَّنت بالواقع من العمل بنسبة 102% -117.08% من طاقة تكريرها المفترضة بالأصل، والبالغة 6 ملايين طن سنوياً.[76] تخضع المصفاة لعملية إصلاح سنوية تُسمَّى العمرة السنوية، تتوقف خلالها عن العمل بالكامل، ويبلغ طولها عدة أسابيع تكون في شهري أيلول وتشرين.[74]
يتصل بمدينة بانياس خط أنابيب كركوك–بانياس لنقل النفط، الذي تشغله الشركة السورية لنقل النفط (سكوت)،[43] وقد كان ينقل 300,000 برميلٍ من النفط يومياً إلى سوريا قبل أن يتعطل إبان الاحتلال الأمريكي للعراق، وبدأت سوريا والعراق يبحثان إعادة افتتاحه ابتداءً من سنة 2010.[77][78] ينتهي خط الأنابيب هذا في مصبّ نفطيّ يُعرَف بـمصبّ بانياس يتبع الشركة السورية لنقل النفط (سكوت)، حيث يُنقَل منه النفط عبر البحر ليُصدَّر إلى الخارج،[79] ويتسبَّب المصبّ بقدرٍ كبيرٍ من التلوّث في المدينة والبيئة المحيطة بها.[80]